经过2008年和2013年两轮国务院行政管理体制改革，国家层面“一部三局”架构基本建立，交通运输大部门管理体制已经形成；省级层面17个省（区、市）基本建立了综合交通运输管理体制机制或运行协调机制。在全国政协委员、交通运输部科学研究院副院长王先进看来，实际运行中，综合交通运输管理体系仍存在机构设置不合理、权责不统一、运行不顺畅的突出矛盾。

　　王先进建议，进一步优化机构设置、理顺职责关系，构建涵盖铁路、公路、水路、民航、邮政全方式，规划、建设、运营、管理全链条，陆海空一体化的综合交通运输管理体制。明确综合交通运输体系规划职责，发展改革、交通运输、铁路、民航等部门应按“三定方案”规定，履行综合交通运输体系规划的编制职责，提高规划的科学性、可操作性。整合城市交通管理职责，统一城市轨道交通的规划、建设、运营等方面管理职能，明确互联网租赁自行车等新兴业态管理职责。理顺部与部管国家局关系，明确部委与部委管理的国家局之间的职责边界和管理关系，推进中国铁路总公司市场化和政企分开改革，理顺中国铁路总公司的管理职责，将规划、审批、监管等政府职能划归行业主管部门。